Wäre eine Whole-Exome Sequenzierung bzw. Whole-Genome Sequenzierung mit Blick auf die genetischen Analysen sinnvoll oder reichen die Panels für gezielte Mutationen? Wie ist bei Vorlage von relevanten Mutationen weiter zu verfahren?

Im Gegensatz zur gezielten Sequenzierung (Panelsequenzierung) umfasst die Whole-Exome bzw. Whole-Genome Sequenzierung einen viel größeren Genomabschnitt. Somit kann eine Aussage über genetische Veränderungen in einer deutlich höheren Anzahl Genen getroffen werden. Allerdings ist die sogenannte Coverage (Lesetiefe) in der Regel viel geringer als bei der Panelsequenzierung. Eine höhere Lesetiefe erlaubt die Erkennung auch seltener genetische Veränderungen im untersuchten Gen. Des Weiteren bedarf die gezielte Sequenzierung in der Regel deutlich weniger Erbgut (DNA) (1ng versus 100ng bei Whole-Exome Sequenzierung). Dies kann relevant sein, wenn nur wenig Tumormaterial vorhanden ist. Die Entscheidung darüber, ob eine gezielte Sequenzierung oder eine Whole-Exome (viel seltener Whole-Genome Sequenzierung) Sequenzierung erfolgen soll, hängt davon ab, welchen Zweck die Sequenzierung verfolgen soll. Wenn die untersuchten Gene von Interesse im Vorhinein bekannt sind, dann ist eine gezielte Sequenzierung ratsam. Falls möglichst viele genetische Veränderungen (auch seltene und bisher nicht gekannte) erfasst werden sollen, dann ist eine Whole-Exome Sequenzierung zu empfehlen. Bei all diesen Überlegungen ist es aber wichtig zu betonen, dass die daraus abgeleiteten Therapieempfehlung überwiegend experimentell sind und häufig nur im Rahmen von individuellen Heilversuchen eingesetzt werden.